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高通量测序基因组拼接技术指标中的Contig N50和Scaffold N50是什么意思?

对一条染色体进行测序，将测序得到的reads进行拼接，能够完全拼接起来，中间没有gap的序列称为contig。 如果中间有gap,但是gap的 长度我们知道，这样的序列就叫做scaffold。

将测序得到的所有contig和scaffold从大到小进行排列，当其长度达到染色体长度的一半时，这一条contig和scaffold的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。这两个数值主要用来评估序列组装的质量的，值越大，组装效果越好，测序效率也就越好了。

高通量测序基因组拼接技术指标中的Contig N50和Scaffold N50是什么意思？

给你举个例子，比如一个基因组大小是1M，测序得到若干条reads，这些reads进行拼接，如果完全可以拼接起来，中间没有gap的序列称为contig，即连续的意思。 如果中间有gap,但是可以知道gap的 长度，这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架（非连续）的意思。然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列，然后相加，当恰好加到1M的50％，也就是500k的时候 ，那一条contig 或者scaffold 的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。很明显这个数值越大说明组装的质量越好。